肠功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群、改善胃肠动力等药物来缓解症状，比如常用的有双歧杆菌四联活菌片、马来酸曲美布汀片等。一般通过合理用药结合生活调整能逐渐改善，但具体效果因个体差异不同。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善肠功能紊乱引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。这类药物适用于因肠道菌群失调导致肠功能紊乱的人群。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，对肠功能紊乱有一定的调节作用，能帮助恢复肠道正常的消化吸收功能。
改善胃肠动力类药物
马来酸曲美布汀片： 能调节胃肠运动节律，对胃肠道运动功能具有双向调节作用，既可以抑制运动亢进部位的运动，又能增强运动低下部位的运动，从而改善肠功能紊乱引起的腹痛、腹胀等不适。比如当出现胃肠痉挛导致的腹痛时，它可以起到缓解作用。多潘立酮片： 主要是促进胃肠蠕动，加快胃的排空，对于因胃肠动力不足引起的肠功能紊乱，如饭后腹胀、早饱等情况有改善作用，但需要注意按照正确剂量服用，且一般不建议长期大量服用。
对症治疗药物
蒙脱石散： 如果肠功能紊乱伴有腹泻症状，蒙脱石散可以吸附肠道内的毒素和多余水分，起到止泻的作用，帮助缓解因腹泻导致的身体不适，但不宜长期过量服用，以免引起便秘等问题。复方消化酶胶囊： 当肠功能紊乱伴有消化不良，出现食欲不振、餐后饱胀等情况时，复方消化酶胶囊可以补充消化酶，帮助消化食物，改善消化功能，从而间接改善肠功能紊乱的状况。不过，有胆道完全梗阻的患者禁用该药物。