肠功能紊乱可以使用调节胃肠动力的药物，比如莫沙必利，它能促进胃肠蠕动，一般可缓解腹胀、早饱等症状。还有调节肠道菌群的药物，像双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道内菌群平衡，改善肠道功能。
调节胃肠动力类药物
莫沙必利：属于促胃肠动力药，通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-HT4受体，促进乙酰胆碱释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、肠功能紊乱引起的相关症状，一般没有明显的年龄限制，但需在医生指导下使用。多潘立酮：也是促胃肠动力药，能直接作用于胃肠壁，增加食管下括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，对肠功能紊乱导致的腹胀、恶心、呕吐等有一定缓解作用，不过1岁以下婴儿由于其血-脑屏障发育不完善，应用时需特别谨慎。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片：含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，这些有益菌可在肠道内生长繁殖，抑制肠道内有害菌的生长，调整肠道菌群平衡，改善肠功能紊乱引起的腹泻、便秘等症状，儿童可在医生评估后使用，但2岁以下儿童服用需注意药物剂型等情况。枯草杆菌二联活菌颗粒：包含枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理活菌，抑制肠道内有害细菌过度繁殖，调整肠道菌群，适用于因肠道菌群失调引起的肠功能紊乱，婴幼儿也可使用，但使用时要注意按照正确的剂量和方法。
缓解腹痛类药物
匹维溴铵：为胃肠道解痉药，主要作用于胃肠道的平滑肌，通过阻断钙离子流入肠壁平滑肌细胞，防止肌肉过度收缩而达到解痉作用，可缓解肠功能紊乱引起的腹痛症状，一般成人可以使用，孕妇需在医生指导下权衡利弊后使用。曲美布汀：能调节胃肠道运动功能，对胃肠道运动具有双向调节作用，既可以抑制运动亢进肌群的运动，也可以增进运动低下肌群的运动，从而改善肠功能紊乱导致的胃肠运动功能紊乱及伴随的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹痛、腹泻、便秘等症状，不同年龄段的人群使用时需遵循相应的用药规范。