治疗牙周炎比较有效的药物主要包括抗菌药物等。一般来说，甲硝唑等硝基咪唑类药物在治疗牙周炎中较为常用。
硝基咪唑类药物
甲硝唑： 它能抑制厌氧菌的生长繁殖，对牙周炎常见的厌氧菌有较好的抗菌作用。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用甲硝唑，因为可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。替硝唑： 替硝唑的抗菌谱与甲硝唑相似，但它的半衰期较长，服用相对方便。不过，也有一些禁忌，比如对替硝唑过敏者不能使用，有血液病史的患者也要谨慎使用。
四环素类药物
四环素： 四环素类药物能抑制胶原酶等破坏牙周组织的酶的活性，从而起到一定的治疗牙周炎的作用。但儿童、孕妇、哺乳期妇女以及8岁以下儿童禁用四环素，因为可能会影响牙齿发育。多西环素： 多西环素也是四环素类药物的一种，它的抗菌效果较好，而且相对来说副作用相对较小。不过，服用多西环素时要注意避免与牛奶、抗酸剂等同服，以免影响药物吸收。
大环内酯类药物
罗红霉素： 罗红霉素对一些革兰阳性菌和厌氧菌有较好的抗菌活性，在牙周炎的治疗中可以起到辅助作用。但有严重肝病的患者要慎用罗红霉素，而且服用期间要注意观察是否有胃肠道不适等不良反应。阿奇霉素： 阿奇霉素具有半衰期长、组织浓度高的特点。不过，对阿奇霉素等大环内酯类药物过敏者禁用，而且使用时要注意按照疗程规范用药。