治疗牙周炎的药物主要有抗生素类、硝基咪唑类等。一般来说，常用的治疗牙周炎药物有甲硝唑等。
抗生素类药物
阿莫西林： 属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，从而发挥杀菌作用。它可以用于牙周炎的辅助治疗，帮助控制牙龈炎症。但对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类： 例如头孢氨苄等。这类药物通过干扰细菌细胞壁的合成来杀菌，对多种引起牙周炎的细菌有抑制作用。使用前需询问患者是否有头孢类药物过敏史。
硝基咪唑类药物
甲硝唑： 对厌氧菌有较强的杀灭作用，牙周炎常与厌氧菌感染相关，所以甲硝唑常用于牙周炎的治疗。孕妇及哺乳期妇女禁用，服用期间不能饮酒，否则可能引起双硫仑样反应。替硝唑： 抗菌谱与甲硝唑相似，但不良反应相对较轻。也可用于牙周炎的治疗，使用时同样要注意孕妇及哺乳期妇女的禁忌，以及用药期间避免饮酒。
局部用药
米诺环素凝胶： 属于局部用的四环素类抗生素，直接作用于牙周袋内，能有效抑制牙周致病菌。将其注入牙周袋内，可在局部发挥持久的抗菌作用，使用时需注意遵循正确的操作方法。碘甘油： 有杀菌、收敛、消炎的作用，可用于牙周袋的局部涂抹，缓解牙龈的炎症、消肿止痛。对碘过敏者禁用，使用时避免接触眼睛等黏膜部位。牙周炎的药物治疗只是综合治疗的一部分，还需要结合洗牙、刮治等牙周基础治疗。在使用药物时，应在医生的指导下根据病情合理选择，同时要注意药物的不良反应和禁忌证等情况。