溃疡性结肠炎的治疗药物选择需根据病情程度等因素来定，常用的有效药物有氨基水杨酸制剂等。一般来说，轻度溃疡性结肠炎可选用5-氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，约有50% - 60%的轻度患者使用后能取得较好效果。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 分为口服制剂和灌肠剂等。口服美沙拉嗪可作用于肠道局部，抑制炎症反应。对于轻中度溃疡性结肠炎患者，口服美沙拉嗪能有效缓解症状，约60% - 70%的轻中度患者使用后病情可得到控制。灌肠用的美沙拉嗪主要针对直肠乙状结肠部位的病变，直接作用于肠道炎症部位，能快速减轻局部炎症。柳氮磺吡啶： 是传统的氨基水杨酸制剂，价格相对较为亲民，一般一盒（0.25g*100片）价格在10 - 30元左右。它通过在肠道内分解为5 - 氨基水杨酸和磺胺吡啶发挥作用，对轻中度的溃疡性结肠炎有一定疗效，但部分患者可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适反应。
糖皮质激素
泼尼松： 属于全身用糖皮质激素，对于中重度溃疡性结肠炎患者，在氨基水杨酸制剂疗效不佳时可选用。一般起始剂量为每日30 - 60mg，根据病情逐渐调整剂量。但长期使用泼尼松可能会带来一些副作用，如骨质疏松、感染风险增加等，约10% - 15%的患者可能会出现较明显的副作用。布地奈德： 是局部作用的糖皮质激素，主要作用于肠道局部，全身副作用相对较小。对于病变局限在直肠、乙状结肠的轻中度溃疡性结肠炎患者，布地奈德灌肠剂效果较好，使用后约70% - 80%的患者症状可得到改善，且全身不良反应发生率较低。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或激素依赖的溃疡性结肠炎患者。一般需要连续服用3 - 6个月才能看到明显效果，约40% - 50%的患者在使用硫唑嘌呤后病情可得到控制。但它可能会引起骨髓抑制等不良反应，需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于溃疡性结肠炎的治疗。对于部分对硫唑嘌呤不耐受的患者可考虑使用巯嘌呤，使用过程中同样需要密切监测血常规等，约30% - 40%的患者使用后病情能得到缓解。