小孩子指甲凹凸不平的原因包括营养不良、真菌感染、外伤等。
一、营养不良：如果小孩子存在挑食、偏食的情况，就容易导致营养物质摄入不足，进而造成身体营养不良。当这种营养不良累及指甲时，就会致使指甲出现营养不良的状况，表现为甲板变薄或有甲横纹，以及出现凹凸不平的小点等。
二、真菌感染：若小孩平时不注重手部卫生护理而引发真菌感染，因真菌感染这一疾病因素，可使得指甲变黄、增厚、变色、翘起，同时指甲表面也会变得凹凸不平。
三、外伤：假如小孩的手意外受到外伤，像是被门缝挤压或者被石头砸伤等，就会损伤到指甲，造成甲床受损，从而出现指甲凹凸不平的现象。
当小孩指甲凹凸不平，要做好局部的卫生护理工作。同时要调整饮食结构，多摄取富含维生素以及蛋白质的食物。必要时应带小孩前往医院进行详细检查，以明确是否存在疾病因素。
总之，小孩指甲凹凸不平可能由多种原因引起，要根据具体情况进行分析和处理。