软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以在医院由医生操作。比如用镊子将软疣小体完全挤出或挑出，然后外涂碘酊等预防感染，通常处理一次就能有明显效果。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使软疣组织坏死脱落。医生会用液氮等低温设备接触疣体，一般经过1 - 2次冷冻可能就能去除软疣，但可能会有局部轻度疼痛、红肿等反应。激光治疗： 用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。激光治疗相对比较精准，对于单个或少量的软疣效果较好，治疗后局部会有创面，需要注意护理避免感染。
外用药物治疗
水杨酸制剂： 水杨酸有角质剥脱作用，可用于软疣的治疗。将水杨酸制剂涂抹在软疣上，通过逐渐剥脱疣体来达到去除目的，但可能需要连续使用一段时间才能见效，而且使用时要注意避免接触周围正常皮肤。维A酸类药物： 像维A酸乳膏等，通过调节表皮细胞的分化来发挥作用，对软疣有一定的治疗效果，不过使用过程中可能会出现局部皮肤刺激症状，如轻度的红斑、脱屑等。
患者自身护理要点
保持皮肤清洁： 要注意保持长有软疣部位的皮肤清洁卫生，每天可以用温水清洗，但要避免过度搓洗，防止疣体破损后引起自身接种感染，导致软疣数量增多。避免搔抓： 患者不要用手去搔抓软疣部位，因为搔抓可能会使病毒传播到身体其他部位，引起新的软疣生长。同时，也要避免与他人共用毛巾、衣物等物品，防止传染给他人。