长病毒性软疣可以通过多种方法治疗，一般可以采用物理治疗等方式，比如冷冻治疗，这是比较常用的方法，通过低温使软疣小体坏死脱落，通常可能需要几次治疗才能完全清除。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温的液氮作用于软疣疣体，使疣体组织坏死、脱落。一般操作时会有轻微的刺痛感，治疗后局部可能会出现红肿、水疱等反应，大多在1 - 2周内恢复。刮除术： 医生用特制的刮匙将软疣疣体刮除，操作前会进行局部消毒，术后要注意保持创面清洁，避免感染，可能会有少量出血，之后创面会逐渐愈合。
外用药物治疗
斑蝥素： 是一种可以引起局部炎症反应的药物，涂抹在软疣疣体上，能促使疣体坏死脱落，但使用时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。三氯醋酸： 具有腐蚀性，能腐蚀软疣疣体，使其坏死脱落，不过使用时要准确涂抹，防止损伤周围正常皮肤，可能需要多次涂抹才能见效。
自身免疫疗法
接种法： 把软疣小体接种到自身其他部位，激发机体免疫反应来清除软疣。但这种方法需要在医生操作下进行，且免疫反应的个体差异较大，有的人可能效果较好，有的人可能不太明显。免疫调节剂： 对于免疫力较低的患者，可在医生评估下使用一些免疫调节剂来增强机体对软疣病毒的抵抗力，但这类药物的使用需要严格遵循医嘱，因为不同的免疫调节剂有不同的适应证和禁忌证。