肝胆管结石的治疗方式需根据病情而定，对于无症状的肝胆管结石，可定期观察，每6~12个月进行超声等检查监测病情变化。而有症状或出现并发症的患者多需要手术治疗等。
手术治疗方式
胆管切开取石术：这是比较传统的手术方法，通过手术切开胆管，直接取出结石。适用于结石相对局限、胆管狭窄不严重的患者。肝部分切除术：如果结石所在的肝脏局部有明显的病变，如肝组织萎缩、纤维化等，可能需要切除部分肝脏。比如结石长期存在导致病变肝叶功能丧失，就会考虑这种手术。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）：借助内镜经口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管至胆管内，注入造影剂显示胆管和结石情况，然后通过取石网篮等工具取出结石。对于胆总管结石且身体状况不适合大手术的患者可能适用。内镜下鼻胆管引流术（ENBD）：在ERCP基础上，放置鼻胆管引流，可起到引流胆汁、减轻胆管炎症的作用，一般用于胆管炎等情况较重，需先引流改善后再进一步处理结石的患者。
药物辅助治疗
抗感染药物：当肝胆管结石伴有胆管炎时，需要使用抗感染药物，如头孢菌素类等抗生素，来控制胆道感染。根据感染的严重程度和细菌培养结果选择合适的抗生素。利胆药物：一些利胆药物可以促进胆汁分泌和排出，辅助改善病情，如熊去氧胆酸等，但这类药物一般作为辅助治疗，不能单纯依靠药物消除结石。