三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未完全发育成熟，容易受到外界刺激而出现不自主的运动，包括摇头。这种情况通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.湿疹：宝宝头部容易出汗，如果不及时清洁，可能会导致湿疹。湿疹会使宝宝头皮瘙痒，从而引起摇头。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、脱屑等症状。
3.缺钙：宝宝生长发育迅速，如果维生素D摄入不足，可能会导致缺钙。缺钙会使宝宝神经兴奋性增加，容易出现多汗、摇头、夜惊等症状。家长可以观察宝宝是否有方颅、肋骨串珠等表现，如有可能是缺钙引起，建议及时就医，在医生的指导下补充维生素D和钙剂。
4.外耳道炎或中耳炎：如果宝宝的外耳道有耵聍（耳屎）或进水，可能会引起外耳道炎或中耳炎。炎症会刺激宝宝的耳部，使其感到不适，从而出现摇头的现象。此外，还可能伴有耳部疼痛、耳道分泌物等症状。
5.皮肤瘙痒：如果宝宝穿着过多、盖得太厚，或接触了过敏原，可能会导致皮肤瘙痒。这种情况下，宝宝也会通过摇头来缓解瘙痒。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持宝宝头部清洁，及时清理汗液和头皮屑。
2.给宝宝选择宽松、透气的衣物，避免穿着过多或过厚。
3.确保宝宝摄入足够的维生素D和钙剂。
4.避免让宝宝接触过敏原。
5.如果宝宝摇头的同时伴有其他异常表现，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时就医，进行详细的检查和诊断。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题感到担忧，最好咨询医生的意见，以便获得更专业的建议和治疗。