三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统发育不完善，可能会出现摇头、手抖等现象，这是正常的生理反应。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若没有及时清理，会导致头部瘙痒，从而引起摇头。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、睡眠不安等症状，从而引起摇头。
4.中耳炎：宝宝的耳部感染时，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，从而引起摇头。
针对以上原因，可以采取以下措施：
1.保持宝宝头部清洁，及时清理汗液和头皮屑。
2.如果宝宝有湿疹，可以涂抹湿疹膏，并保持皮肤干燥。
3.给宝宝补充维生素D和钙剂，多晒太阳，促进钙的吸收。
4.如果宝宝有中耳炎，需要及时就医，进行治疗。
如果宝宝摇头的情况持续时间较长或伴有其他异常症状，建议及时就医，以便明确原因，并采取相应的治疗措施。