三个月宝宝睡觉老是摇头，通常是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝在浅睡眠状态时，可能会出现摇头、微笑、四肢活动等，这是一种正常的生理现象，通常不需要特殊处理。
2.环境因素：如果宝宝所处的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥、潮湿，可能会影响宝宝的睡眠，导致其出现摇头等不适。
3.维生素D缺乏性佝偻病：宝宝体内维生素D不足，可能会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头、睡眠不安等症状。
4.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，可能会因为瘙痒而出现摇头的情况。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，可能会因为耳部疼痛而出现摇头的情况。
如果宝宝只是偶尔出现摇头的情况，且没有其他异常表现，一般不需要过于担心。但如果宝宝经常出现摇头的情况，或者伴有多汗、夜惊、烦躁、哭闹等症状，建议及时带宝宝就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。