双侧卵巢巧克力囊肿的治疗方法主要包括以下几种：
1.药物治疗：
避孕药：通过抑制排卵、减少月经血量，缓解痛经等症状。
孕激素：可使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，缓解病情。
GnRH-a：即促性腺激素释放激素激动剂，能抑制卵巢功能，导致闭经，适用于药物治疗无效或有手术禁忌证者。
药物治疗的优点是副作用较小，缺点是停药后可能复发，且对于较大的囊肿效果不理想。
2.手术治疗：
腹腔镜手术：通过在腹部打孔插入器械，进行囊肿剔除或卵巢楔形切除术。
开腹手术：在腹部做较大的切口进行手术。
手术治疗的优点是可以直接去除囊肿，效果较为彻底，缺点是创伤较大，术后恢复较慢。
3.中医治疗：
中药调理：通过口服中药，活血化瘀、软坚散结。
针灸：刺激穴位，调节气血运行。
外敷：将中药敷在腹部，促进囊肿吸收。
中医治疗可以作为辅助治疗方法，缓解症状，但单独使用效果有限。
需要注意的是，双侧卵巢巧克力囊肿的治疗方法应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育要求等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应密切配合医生的治疗方案，并定期复查，以观察病情变化。此外，患者还应注意生活方式的调整，保持良好的心态，避免过度劳累和精神紧张。如果症状加重或出现其他异常情况，应及时就医。