双侧卵巢巧克力囊肿的治疗方法包括以下几种：
1.药物治疗：
对症治疗：对于症状较轻的患者，可使用药物缓解疼痛、控制月经周期等。例如，使用非甾体类抗炎药（NSAIDs）可减轻疼痛，口服避孕药可调节月经。
假孕疗法：通过使用孕激素使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，达到治疗目的。
假绝经疗法：使用促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a），使卵巢功能暂时性抑制，出现类似绝经的现象。
2.手术治疗：
保守性手术：保留卵巢功能，只切除卵巢内的巧克力囊肿，适用于有生育要求或年轻的患者。
半根治性手术：切除子宫及双侧附件，适用于年龄较大、无生育要求的患者。
根治性手术：将子宫、双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶予以切除，适用于病情严重、复发频繁的患者。
3.其他治疗方式：
介入治疗：通过血管介入的方法，将药物直接注入囊肿，使囊肿缩小或消失。
中医治疗：中医认为巧克力囊肿是由于瘀血内停所致，可采用活血化瘀、软坚散结的中药进行治疗。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据患者的年龄、症状、生育要求、囊肿大小等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应密切配合医生的治疗，定期复查，以确保治疗效果。此外，患者还应注意生活方式的调整，保持良好的心态，有助于病情的恢复。