再生障碍性贫血是一种骨髓造血功能衰竭症，其发病原因较为复杂。目前认为，约半数以上的再生障碍性贫血患者病因不明确，称为原发性再生障碍性贫血；而能明确病因的则称为继发性再生障碍性贫血，常见的病因有以下几方面。
药物因素导致
化学药物：某些化学物质可能会引发再生障碍性贫血，像氯霉素类抗生素，它在临床应用中，如果长期或大量使用，就有可能影响骨髓造血干细胞的功能。还有抗肿瘤的化疗药物，比如烷化剂等，这类药物在杀灭肿瘤细胞的同时，也可能对正常的骨髓造血干细胞造成损伤，进而诱发再生障碍性贫血。解热镇痛药物：一些非甾体类解热镇痛药也可能是诱因之一，像保泰松，长期服用保泰松的患者中，有一定比例会出现骨髓抑制的情况，从而增加患再生障碍性贫血的风险。
物理因素影响
辐射暴露：长期接触大剂量的电离辐射，例如长期处于放射工作环境中却没有做好防护措施，或者受到意外的大剂量辐射照射，如核事故等情况。大剂量的电离辐射会破坏骨髓中的造血干细胞和造血微环境，导致骨髓造血功能低下，引发再生障碍性贫血。一般来说，当人体受到的辐射剂量达到一定程度，比如大于1Gy（戈瑞）时，就有可能影响骨髓造血。
生物因素作用
病毒感染：某些病毒感染可能与再生障碍性贫血的发生相关。比如肝炎病毒，尤其是丙型肝炎病毒，部分丙型肝炎患者在病程发展过程中会出现再生障碍性贫血的并发症。还有人类微小病毒B19感染，它可以抑制骨髓造血干细胞的增殖，导致骨髓造血功能障碍，进而引发再生障碍性贫血。