再生障碍性贫血是一种骨髓造血功能衰竭症，其发病原因较为复杂。目前认为，约半数以上的再生障碍性贫血患者发病原因不明确，而能明确的相关因素主要有以下几类。
一、药物因素
某些抗生素： 氯霉素是较为明确的可引起再生障碍性贫血的抗生素之一，有研究表明，使用氯霉素后发生再生障碍性贫血的风险会显著增加。还有一些磺胺类药物，也可能通过免疫反应等机制引发再生障碍性贫血，但相对氯霉素来说，其导致发病的概率相对低一些。解热镇痛药： 像保泰松这类非甾体类解热镇痛药，长期或大量使用时，可能会影响骨髓造血功能。有病例报道显示，部分长期服用保泰松的患者出现了再生障碍性贫血的症状。阿司匹林在一般治疗剂量下引起再生障碍性贫血较为罕见，但大剂量使用时也可能存在一定风险。
二、化学毒物因素
苯及其衍生物： 长期接触苯是导致再生障碍性贫血的重要危险因素。苯广泛存在于油漆、染料、橡胶等行业的工作环境中。比如在一些小型作坊中，工人长期暴露在含苯的环境里，苯会抑制骨髓造血干细胞的增殖和分化，影响骨髓的正常造血功能，进而引发再生障碍性贫血。一般来说，接触苯的浓度越高、接触时间越长，患病的风险就越高。农药： 某些有机磷农药也可能与再生障碍性贫血的发生有关。比如长期接触有机磷农药的农民，其体内农药残留可能会干扰骨髓的造血微环境，破坏造血干细胞的正常功能，从而增加患再生障碍性贫血的可能性。不过，不同种类的农药导致发病的机制和概率有所不同。
三、病毒感染因素
肝炎病毒： 甲型肝炎病毒一般不会引起再生障碍性贫血，但乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒感染与再生障碍性贫血的发生密切相关。研究发现，部分病毒性肝炎患者在病情发展过程中会出现再生障碍性贫血的并发症。病毒可能会直接侵袭骨髓造血干细胞，或者通过免疫反应介导损伤造血系统，导致骨髓造血功能衰竭，引发再生障碍性贫血。其他病毒： 如人类微小病毒B19感染也可能与再生障碍性贫血有关。当人体感染人类微小病毒B19后，病毒会攻击骨髓中的红系造血前体细胞，影响红细胞的生成，进而可能引发再生障碍性贫血，尤其是在免疫功能低下的人群中更容易发病。