泌尿系感染通常是由细菌等病原体入侵泌尿系统引起的。一般来说，女性尿道短而直，大约3-5厘米，这使得细菌更容易进入尿道引发感染，据统计，女性一生中患泌尿系感染的概率相对较高。
致病菌方面的原因
大肠杆菌为主： 引起泌尿系感染最常见的致病菌是大肠杆菌，它常存在于肠道中，当机体抵抗力下降或尿道黏膜有损伤时，大肠杆菌就可能侵入尿道并上行感染泌尿系统。其他致病菌： 变形杆菌、克雷伯菌等也可能导致泌尿系感染，这些细菌在特定环境下会引发尿道、膀胱等部位的炎症。
自身因素导致感染
个人卫生问题： 不注意外阴部清洁卫生，尤其是女性，大便后卫生纸从肛门往尿道方向擦拭，很容易将肠道细菌带到尿道引发感染。比如每天应至少用清水清洗外阴一次，保持局部清洁。机体抵抗力下降： 当人体免疫力低下时，如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，身体抵御细菌的能力减弱，就更容易受到泌尿系感染的侵袭。像糖尿病患者血糖控制不佳时，尿液中含糖量高，有利于细菌生长繁殖，从而增加感染风险。
泌尿系统结构或功能异常引发
尿路梗阻： 如肾结石、输尿管结石等导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，为细菌滋生提供了良好的环境，细菌容易在局部大量繁殖引发感染。例如肾结石患者中，约有一定比例的人会并发泌尿系感染。膀胱输尿管反流： 尿液从膀胱逆流回输尿管甚至肾盂，使得细菌容易在泌尿系统内停留繁殖，从而引发感染。这种情况在一些先天性尿路结构异常的人群中较为常见。