新生儿贫血的原因有多种。一般来说，胎儿期从母体获得的铁储备不足等情况都可能导致新生儿贫血，比如足月儿出生时体内铁储备约为75mg/kg，若储备不足就易引发贫血。
母体因素导致
胎盘出血： 如果在分娩过程中，胎盘与子宫壁之间发生剥离等情况，就可能引起胎盘出血，使得胎儿失血，从而导致新生儿贫血。例如胎盘早剥等情况就可能造成这种胎盘出血进而引发新生儿贫血。母胎输血： 母体和胎儿之间发生血液交换异常，母体血液进入胎儿体内或者胎儿血液进入母体，都可能导致新生儿贫血。这种母胎输血的情况相对少见，但也是导致新生儿贫血的一个原因。
胎儿自身因素导致
红细胞生成不足： 胎儿自身骨髓造血功能出现问题会导致红细胞生成不足从而引发贫血。比如某些遗传因素导致的骨髓造血异常，或者孕期母亲接触了一些不良因素影响胎儿骨髓造血，都可能出现这种情况。红细胞破坏过多： 新生儿体内红细胞破坏过多也会引起贫血。比如新生儿红细胞膜有缺陷，像遗传性球形红细胞增多症等疾病，会使红细胞容易被破坏；还有新生儿感染某些病毒等病原体，也可能导致红细胞破坏过多进而引发贫血。
其他因素导致
胎儿失血： 除了胎盘出血等情况，胎儿自身的一些血管破裂等也可能导致胎儿失血，进而引起新生儿贫血。例如胎儿胃肠道等部位的血管破裂出血，就可能使胎儿失血出现贫血。早产因素： 早产儿发生贫血的几率相对较高。因为早产儿体内铁储备本来就比足月儿少，而且早产儿的红细胞寿命相对较短等，这些因素都容易导致早产儿出现贫血。