拔智齿后第三天仍然疼痛，可能是由以下原因引起的。
1.正常现象：拔牙后，创口的愈合需要一定的时间，通常在3-5天内会逐渐减轻。如果疼痛在第三天开始减轻，可能是正常的恢复过程。
2.感染：拔牙后，如果口腔卫生不佳，或创口受到细菌感染，可能会导致炎症和疼痛。此时，可能还会伴有发热、创口红肿等症状。
3.干槽症：干槽症是一种较为严重的并发症，通常发生在拔牙后的3-4天，创口会出现剧烈的疼痛，且疼痛会向耳部、头部放射。
4.其他：如果拔牙时损伤了邻牙、损伤了下牙槽神经、术后频繁吸烟等，也可能导致拔牙后第三天仍然疼痛。
如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，医生会根据具体情况进行诊断和治疗。在拔牙后的恢复期间，需要注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，避免吸烟、饮酒等。同时，按照医生的建议服用止痛药和消炎药，有助于缓解疼痛和促进恢复。