一般情况下，拔智齿后第三天疼痛可能是正常的，但也可能是由感染、干槽症等原因引起的。
如果疼痛较轻，可能是正常的术后反应。在拔除智齿后，创口会出现炎症反应，引起疼痛。这种疼痛通常会在术后1~2天内达到高峰，然后逐渐减轻。此外，创口处的缝线也可能会刺激周围组织，引起疼痛。
如果疼痛较为剧烈，或在术后3天仍未缓解，或出现了其他症状，如发热、口腔异味等，可能是发生了感染或干槽症。感染是由于细菌感染引起的，需要及时就医，进行抗感染治疗。干槽症则是一种较为严重的并发症，主要表现为拔牙后3天左右出现剧烈的疼痛，并且疼痛向耳颞部、下颌下区或头顶部放射，还可能伴有口臭、拔牙窝空虚等症状。干槽症需要进行清创处理，并在创口内使用碘仿纱条等药物，促进愈合。
需要注意的是，每个人的情况都可能不同，如果对拔牙后的疼痛有任何疑问或担忧，应及时咨询医生。此外，拔牙后需要注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重疼痛。