一般情况下，拔智齿第三天疼痛加重可能是由以下原因引起的。
1.正常情况：拔牙后24小时内，创口会有轻微的疼痛，属于正常现象。但如果疼痛在第三天加重，可能是创口发生了感染。
2.干槽症：干槽症是拔牙后常见的并发症之一，多发生在拔牙后3-4天，表现为拔牙创口剧烈疼痛，可向耳颞部、下颌区或头顶部放射，一般止痛药无法缓解。干槽症的发生与拔牙时创伤过大、术后感染等因素有关。
3.其他：如果拔牙后第三天疼痛加重，还可能与创口内残留断根、牙槽骨骨折、邻牙损伤等因素有关。
需要注意的是，每个人的情况不同，如果疼痛持续不缓解或加重，建议及时就医，以便明确原因并进行针对性治疗。同时，拔牙后要注意口腔卫生，避免食用辛辣、刺激性食物，以免影响创口愈合。