龟头炎的治疗需根据不同病因选择药物，一般来说，细菌性龟头炎常用抗生素类药物，比如莫匹罗星软膏等，通常能在较短时间内改善症状。而霉菌性龟头炎则多选用抗真菌药物，像克霉唑乳膏等。
细菌性龟头炎常用药物
莫匹罗星软膏： 属于局部外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用，可用于细菌感染引起的龟头炎，对常见的金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。夫西地酸乳膏： 对引起龟头炎的葡萄球菌有良好的抗菌效果，能阻碍细菌的合成过程，进而达到杀菌消炎的目的。
霉菌性龟头炎常用药物
克霉唑乳膏： 是广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞膜的合成以及影响其代谢过程来发挥抗真菌作用，适用于念珠菌等真菌感染引起的龟头炎。酮康唑乳膏： 能抑制真菌麦角甾醇的生物合成，对多种真菌有抑制作用，可用于治疗霉菌性龟头炎。
其他特殊情况用药
过敏体质者： 如果对某些治疗龟头炎的药物成分过敏，使用时需格外谨慎。比如对莫匹罗星软膏中的莫匹罗星过敏者，就不能使用该药物，应及时告知医生，更换其他合适的药物。儿童患者： 儿童患龟头炎时用药需更加谨慎，一般不建议自行随意使用成人的治疗药物。需要在医生的指导下，选择刺激性小、安全性高的药物，比如一些低浓度的外用抗菌药膏等，并且要密切观察用药后的反应。