龟头炎的治疗药物需根据不同病因选择，一般细菌性龟头炎常用抗生素类药物，比如莫匹罗星软膏，它是局部外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用，对革兰阳性球菌有很好的抗菌活性，可用于细菌感染引起的龟头炎。而念珠菌性龟头炎多选用抗真菌药物，像克霉唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程，对浅部、深部多种真菌有抗菌作用，可用于念珠菌等真菌感染导致的龟头炎。
细菌性龟头炎常用药
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于细菌感染引发的龟头炎有一定疗效，能帮助减轻炎症、杀灭病菌。一般来说，局部外用即可，但要注意避免接触眼睛、口鼻等黏膜部位。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌如衣原体、支原体均有抗菌活性。它可用于细菌感染引起的龟头炎，能起到抗感染的作用，使用时取适量涂于患处。
念珠菌性龟头炎常用药
克霉唑乳膏： 对念珠菌属具有较好抗菌作用，通过干扰真菌细胞膜的合成，影响其代谢过程来发挥抗真菌功效。用于念珠菌性龟头炎时，需洗净患处后局部涂抹，一日 2 - 3 次。不过，孕妇及哺乳期妇女应在医师指导下使用。酮康唑乳膏： 为广谱抗真菌药，对皮肤真菌、酵母菌（如念珠菌等）等有抗菌作用，能抑制真菌麦角固醇的生物合成，影响真菌细胞膜的完整性，从而发挥抗真菌效应。使用时需清洁龟头后适量涂抹，若用药部位有烧灼感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。
其他类型龟头炎用药
滴虫性龟头炎： 通常可选用甲硝唑，它能阻碍细菌或原虫代谢，促使其死亡。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用甲硝唑，且在用药期间应避免饮酒。急性浅表性龟头炎： 如果是由外伤、摩擦等引起的急性浅表性龟头炎，可短期使用糖皮质激素类药物，如氢化可的松乳膏，但要注意长期使用可能会有不良反应，需在医生指导下谨慎使用，且不宜用于皮肤破溃处。在使用这些药物治疗龟头炎时，都要注意保持局部清洁卫生，避免刺激。如果龟头炎症状持续不缓解或反复发作，应及时就医，进一步明确病因，调整治疗方案，不要自行盲目用药。同时，不同个体对药物的反应可能不同，用药过程中若出现异常情况应及时咨询医生。