跑步后第二天大腿疼的原因可能包括以下几种：
一、腿部肌肉乳酸过度堆积：这多见于平常活动量较少的人群。由于长期缺乏运动，突然进行长时间且长距离的跑步，就会使腿部产生大量乳酸堆积。这些堆积的乳酸对腿部肌肉产生刺激，从而导致跑步后第二天大腿出现疼痛。
二、缺钙：如果长期过度偏食挑食，致使饮食中的营养摄入不足，导致机体缺钙。在这种缺钙的情况下进行跑步，特别是长距离跑步后，就可能在第二天引发大腿疼痛。
三、肌肉拉伤：在跑步前若没有做好充分的热身运动，而后进行长时间、长距离或者速度过快的跑步，就容易引发肌肉拉伤，进而造成跑步后第二天大腿疼痛。
总之，跑步后第二天大腿疼还可能有其他原因。若存在明显不适，应尽早去医院，明确诱因后在医生指导下进行相应治疗。