跑步后第二天大腿疼，原因可能包括腿部肌肉乳酸过度堆积、缺钙以及肌肉拉伤等。
一、腿部肌肉乳酸过度堆积：这在平常活动量较少的人群中较为常见。当这类人长时间缺乏活动后，突然进行长时间且长距离的跑步，就容易导致腿部产生大量乳酸堆积。这些堆积的乳酸会对腿部肌肉产生刺激，从而引发跑步后第二天大腿出现疼痛症状。
二、缺钙：一般是由于长期存在过度偏食、挑食的情况，使得饮食中的营养摄入不足，进而导致机体缺钙。在这种缺钙的状态下进行跑步，尤其是长距离跑步，就有很大可能在第二天出现大腿疼痛的表现。
三、肌肉拉伤：若在跑步前没有充分做好热身运动，然后进行长时间、长距离的跑步，或者跑步速度过快，都容易造成肌肉拉伤，进而可能导致跑步后第二天大腿疼痛。
跑步后第二天大腿疼还可能有其他原因，如果存在明显的不适，应尽早前往医院，在确诊具体诱因后由医生指导进行相应的治疗。
总之，跑步后大腿疼可能是多种因素导致的，要根据具体情况进行分析和处理。