小腿里面骨头隐隐作痛可能由多种原因引起。比如运动损伤就比较常见，像长时间行走、跑步或者突然增加运动量，可能导致小腿骨周围的肌肉、韧带等软组织受损，进而引起骨头隐隐作痛，这种情况在经常运动的人群中较为多见。
运动损伤导致
运动过度： 如果近期进行了较长时间或强度较大的运动，如马拉松训练、高强度的球类运动等，小腿骨周围的肌肉会产生大量乳酸等代谢产物，可能刺激骨头周围组织，引发隐隐作痛。一般休息1 - 2周后可逐渐缓解，但如果持续不缓解需就医。运动姿势不当： 比如跑步时姿势不正确，膝盖内扣等情况，会使小腿骨头承受异常应力，长期下来也会出现隐隐作痛。这时候需要纠正运动姿势，必要时可在专业人士指导下进行康复训练。
骨骼本身问题
骨膜炎： 小腿骨膜发生炎症也会导致骨头隐隐作痛。多见于青少年，可能与平时运动量突然增加有关。骨膜炎患者在按压小腿骨头时可能有明显压痛，休息时疼痛可能会稍有减轻，但活动后会加重。应力性骨折： 长期反复的轻微外力作用于小腿骨，可能导致应力性骨折，早期可能只是骨头隐隐作痛，随着病情发展疼痛会逐渐加重，并且可能伴有局部肿胀。这种情况需要及时就医，通过影像学检查来明确诊断。
其他系统疾病累及
腰椎间盘突出症： 当腰椎间盘突出压迫到支配小腿的神经时，也可能引起小腿里面骨头隐隐作痛，同时还可能伴有下肢麻木、无力等症状。一般腰椎间盘突出症引起的下肢疼痛会有放射性，咳嗽、打喷嚏时疼痛可能会加重。骨质疏松： 中老年人尤其是绝经后女性容易发生骨质疏松，骨密度降低，骨头的强度下降，也可能出现小腿里面骨头隐隐作痛的情况，同时可能伴有身高变矮、驼背等表现。通过骨密度检测可以辅助诊断骨质疏松。