扁桃体总发炎，多是因为自身抵抗力较弱，比如儿童的扁桃体正处于发育阶段，3 - 5岁时免疫功能较活跃，相对更容易发炎。另外，细菌或病毒感染也是常见原因，像A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体炎的主要致病菌，当人体劳累、受凉后，抵抗力下降，这些病菌就容易趁机侵入扁桃体引发炎症。还有局部因素，比如扁桃体隐窝内长期残留细菌、病毒等病原体，反复感染就会导致扁桃体总发炎。
自身抵抗力方面
儿童群体：儿童的免疫系统还在发育过程中，3 - 10岁的儿童扁桃体炎发病率相对较高。这是因为他们的扁桃体是免疫系统的一部分，接触外界病菌的机会多，但自身免疫调节还不完善。比如在季节更替时，儿童更容易因为抵抗力不足而出现扁桃体发炎情况。成年人长期劳累：成年人如果长期熬夜、过度劳累，会使身体的抵抗力下降，像经常加班、睡眠不足的人，扁桃体就容易反复受到病菌侵袭而发炎。
感染因素
细菌感染：A组乙型溶血性链球菌是引起扁桃体炎最常见的细菌病原体。当人体抵抗力降低时，这种细菌就会大量繁殖，引发扁桃体的急性炎症。比如在学校、幼儿园等人群密集场所，细菌容易传播，体质较弱的人就容易被感染而出现扁桃体总发炎。病毒感染：病毒也是导致扁桃体发炎的常见原因，像鼻病毒、腺病毒等。病毒感染引起的扁桃体炎往往具有一定的自限性，但如果病毒反复侵袭，也会导致扁桃体反复发炎。例如在流感流行季节，感染流感病毒后，扁桃体发炎的概率会增加。
局部因素
扁桃体隐窝问题：扁桃体表面有许多小隐窝，这些隐窝容易残留食物残渣、细菌和病毒等。如果这些残留物质不能及时清理，就会不断刺激扁桃体，导致扁桃体反复发炎。比如有些人吃东西后不注意口腔清洁，食物残渣容易滞留在扁桃体隐窝内，长期下来就容易引发扁桃体总发炎。邻近器官炎症蔓延：如鼻腔、鼻窦的炎症，炎症蔓延至扁桃体，也会引起扁桃体发炎且反复发作。例如鼻窦炎患者，炎症分泌物可能会波及扁桃体，导致扁桃体反复受到刺激而发炎。