扁桃体总发炎多是由病原体反复感染等原因导致。一般来说，人体免疫力低下时，如儿童免疫系统发育尚不完善，就容易频繁遭遇病原体侵袭引发扁桃体发炎，数据显示，儿童扁桃体炎每年发作可能达4 - 5次甚至更多。
病原体持续感染因素
细菌感染方面： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，它容易在人体抵抗力下降时，如受凉、过度疲劳后，侵入扁桃体并大量繁殖，从而引发炎症。此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等细菌也可能导致扁桃体反复发炎。病毒感染方面： 像EB病毒、腺病毒等病毒也是常见诱因，病毒感染后会破坏扁桃体的防御机制，使得扁桃体容易再次被其他病原体侵袭而发炎。
自身免疫相关因素
免疫功能异常： 当自身免疫系统出现紊乱时，可能会错误地将扁桃体组织当作“敌人”进行攻击，导致扁桃体反复发炎。比如一些自身免疫性疾病患者，扁桃体发炎的概率相对较高。扁桃体隐窝堵塞： 扁桃体表面有许多隐窝，如果隐窝口被细菌、病毒及脱落的上皮细胞、淋巴细胞等堵塞，就会导致引流不畅，容易滋生细菌，进而引发反复发炎。例如，隐窝内长期存留的异物等会加重这种堵塞情况。
局部因素影响
邻近器官炎症蔓延： 当鼻咽部、口腔等邻近器官发生炎症时，炎症可能会蔓延至扁桃体，引起扁桃体反复发炎。比如鼻窦炎、牙龈炎等疾病，如果没有得到及时有效的治疗，炎症可能会扩散到扁桃体，导致其反复发炎。不良生活习惯： 长期吸烟、饮酒会刺激扁桃体，降低其抵抗力，容易让病原体趁虚而入引发发炎。而且长期食用辛辣、刺激性食物，也会对扁桃体造成不良刺激，增加扁桃体发炎的频率。