脱肛的原因有多种，其中肛管直肠环损伤是一个重要因素，约有10% - 15%的脱肛患者存在肛管直肠环损伤情况。另外，盆底组织松弛也是常见原因，老年人由于身体机能下降，盆底肌肉和韧带逐渐松弛，更容易发生脱肛；儿童则可能因发育不完善，盆底组织相对薄弱，也可能出现脱肛。
解剖结构异常导致
先天性发育不良： 有些儿童先天性直肠黏膜固定装置发育不良，比如直肠膀胱陷凹或直肠子宫陷凹过深，使得直肠容易向下移位，从而引发脱肛。一般在儿童生长发育过程中，如果没有得到良好的矫正，就可能逐渐出现脱肛症状。盆底组织薄弱： 成年人随着年龄增长，盆底的肌肉、筋膜等组织会逐渐退变、松弛，对直肠的支持固定作用减弱。像一些多次分娩的女性，盆底组织受到的损伤相对更多，更容易出现盆底组织薄弱，进而增加脱肛的发生风险。
腹压增加相关因素
长期便秘： 长期便秘的人，排便时需要用力屏气，这会使腹压显著升高。长期的高腹压作用会推动直肠向下移位，久而久之就容易引发脱肛。据统计，长期便秘患者中脱肛的发生率比正常人要高很多。慢性咳嗽： 患有慢性咳嗽的人，比如慢性支气管炎患者，长期咳嗽会导致腹压持续升高。腹压不断升高会对直肠产生向下的推力，使得直肠容易脱出，尤其是在咳嗽频繁发作的情况下，脱肛的可能性会大大增加。
其他相关因素
营养不良： 长期营养不良会导致身体消瘦，直肠周围的脂肪组织减少，对直肠的支撑作用减弱。例如一些长期患有慢性消耗性疾病的人，由于营养摄入不足或吸收不良，身体消瘦，就容易出现脱肛现象。手术创伤： 盆腔或直肠部位的手术，可能会损伤直肠周围的组织和神经，影响直肠的正常位置和固定。比如直肠癌根治术等手术，术后有一定概率出现脱肛的并发症。