脑干梗死是一种较为严重的脑血管疾病，目前临床上针对脑干梗死并没有绝对意义上“最有效”的单一治疗方式，而是需要综合治疗。一般来说，发病后应尽快就医，在发病4.5小时内符合条件的患者可考虑静脉溶栓治疗，如使用阿替普酶等溶栓药物，但这需要严格评估患者情况。
急性期治疗关键
静脉溶栓： 发病4.5小时内，若患者符合静脉溶栓指征，使用阿替普酶进行静脉溶栓，能溶解血栓，恢复部分脑血流，改善预后，但有严格的适用与禁忌标准，比如近期有严重出血倾向等情况就不能用。血管内治疗： 对于大血管闭塞导致的脑干梗死，在发病6-24小时内，有条件的医院可考虑血管内取栓治疗，通过导管等器械取出堵塞血管的血栓，恢复脑干血供。
药物辅助治疗
抗血小板聚集药物： 如阿司匹林，可抑制血小板聚集，防止血栓进一步形成，一般在病情稳定后可使用，但有胃肠道出血等病史的患者需谨慎。神经保护类药物： 依达拉奉是常用的神经保护剂，能清除自由基，减轻神经细胞的氧化损伤，对脑干梗死的神经细胞有一定保护作用。
康复治疗重要性
早期康复介入： 病情稳定后应尽早开展康复治疗，包括肢体的康复训练、语言功能训练等。一般在发病后1-2周左右，根据患者具体情况开始康复评估，制定个性化康复方案。康复训练需要长期坚持，比如肢体康复训练要帮助患者恢复肌肉力量和关节活动度，促进运动功能恢复。康复治疗方法： 可以采用物理治疗（如针灸、按摩等促进血液循环）、作业治疗（训练患者日常生活自理能力）等多种手段结合，帮助患者最大程度恢复神经功能，提高生活质量。
基础疾病管理
控制高血压： 脑干梗死患者如果有高血压，需要将血压控制在合理范围，一般目标血压是收缩压<140mmHg，舒张压<90mmHg，但要注意平稳降压，避免血压波动过大。患者需长期规律服用降压药物，如氨氯地平等，并定期监测血压。控制糖尿病： 合并糖尿病的脑干梗死患者，要严格控制血糖，可通过饮食控制、运动以及药物治疗（如胰岛素等）将血糖控制在空腹血糖4.4~7.0mmol/L，非空腹血糖<10.0mmol/L左右，维持血糖稳定有助于病情恢复和预防并发症。