肝上有血管瘤的具体原因目前尚不十分明确，可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致肝内血管形成瘤样结构，有研究显示部分肝血管瘤患者存在先天性的血管发育缺陷相关情况。
先天性发育异常因素
胚胎时期血管分化问题： 在胚胎发育的早期阶段，负责血管形成的细胞分化出现偏差，使得肝脏内原本应该正常排列和发育的血管组织形成了异常的团块，也就是血管瘤。这种先天性的因素从胚胎时期就埋下了隐患。遗传因素关联： 虽然遗传因素在肝血管瘤发病中所占比例不是特别大，但有一定的家族聚集性倾向。如果家族中有亲属患有肝血管瘤，那么其他成员患肝血管瘤的风险可能会相对增高一些，但具体的遗传方式等还不是完全清晰明确。
激素水平影响
女性激素相关： 女性体内的雌激素等激素水平变化对肝血管瘤的发生可能有影响。在青春期、妊娠期或者口服避孕药等情况下，女性体内雌激素水平升高，可能会刺激肝脏内的血管异常增生，从而增加肝血管瘤的发生几率。有临床观察发现，女性肝血管瘤患者在妊娠期间，血管瘤可能会有增大的情况，这与妊娠时体内激素水平的显著变化密切相关。其他激素影响： 除了雌激素外，其他一些激素的失衡也可能对肝血管瘤的形成有一定作用，但相对来说研究还不是特别深入全面。
其他可能因素
肝脏局部感染后变化： 当肝脏曾经发生过局部的感染性病变，比如细菌感染、病毒感染等情况后，可能会引起肝脏局部的血管反应性变化，导致血管增生形成血管瘤。例如，有过肝脏局部细菌感染病史的患者，后续检查发现肝血管瘤的概率可能会比没有感染病史的人群稍高一些。肝内毛细血管感染后变形： 肝内的毛细血管在受到某些刺激后发生变形，逐渐形成血管瘤样的结构。这种情况可能是因为毛细血管在炎症等因素作用下，内皮细胞异常增殖，进而形成了团块状的血管瘤。不过具体的机制还需要进一步深入研究来明确。