早上起来腹部疼痛可能由以下原因导致：
一、腹部着凉：夜间睡觉时若腹部不慎着凉，就会使胃肠道功能出现暂时性紊乱。比如肠道可能会异常活跃，蠕动加快，或是肠道平滑肌发生痉挛等。这些情况均会致使患者在早上出现腹部疼痛不适的状况。
二、炎症性肠病：像克罗恩病、溃疡性结肠炎等都属于炎症性肠病。夜间时人体血流速度会变慢，机体代谢能力也会减退，这就导致炎症因子产生的炎性分泌物不能及时被代谢，而蓄积在肠道中，进而使患者晨起时出现腹部疼痛。
三、十二指肠溃疡：人体24小时都会产生胃酸，部分人群由于幽门括约肌松弛，在夜间睡觉时胃酸会流至十二指肠，从而导致十二指肠黏膜受损形成溃疡，这样患者就会出现疼痛，所以十二指肠溃疡患者晨起会感觉到腹部疼痛不适。
总结：早上起来腹部疼痛的原因较多，主要包括腹部着凉、炎症性肠病、十二指肠溃疡等，不同原因有其各自的特点和机制。当出现这种情况时，应结合具体表现进行分析和判断，必要时就医检查以明确原因。