巧克力囊肿虽为良性病变，但存在恶变可能。恶变前常有以下表现：一、疼痛不规律：巧克力囊肿通常呈周期性变化，而恶变后疼痛会变得毫无规律可言。二、绝经后发病：女性绝经后会再度出现阴道出血、月经持续不断等异常情况。三、囊肿直径超过10厘米：这一般需要借助B超检查来确定，当囊肿直径达到或超过10厘米时，恶变的风险会显著增加。四、CA125>200U/ml：当巧克力囊肿发生恶变，比如演变成卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌等情况时，癌症相关的肿瘤标志物数值就会升高。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种特殊类型，如果不及时积极治疗，很可能导致不孕。
总之，对于巧克力囊肿要密切关注其变化，若出现上述恶变相关表现，应高度重视并及时采取相应措施。