巧克力囊肿虽为良性病变，但存在恶变可能。恶变前常有如下表现：一、疼痛不规律：原本巧克力囊肿多呈周期性病变，而恶变后疼痛会变得不再有规律；二、绝经后发病：女性绝经后会再度出现阴道出血、月经淋漓不尽等情况；三、囊肿直径超过10厘米：这通常需要通过B超检查来确定，当达到此直径时，恶变几率增大；四、CA125＞200U/ml：当巧克力囊肿恶变，如发展成卵巢子宫内膜样癌和透明细胞癌等时，癌症的相关肿瘤标志物数值会升高。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的特殊形式，若不积极治疗，可能会引发不孕。
总之，对于巧克力囊肿要密切关注其变化，一旦出现上述恶变迹象，应及时采取相应措施。