胚胎反复不着床的原因较多，其中约50% - 60%与胚胎自身因素有关，比如胚胎染色体异常，这是早期胚胎反复不着床常见的原因之一。
一、胚胎因素
染色体异常： 胚胎染色体数目或结构异常较为常见。正常胚胎需要有正确的染色体组成来保证着床及后续发育，如果胚胎染色体出现数目异常，比如21 - 三体、18 - 三体等，或者结构异常，都会影响胚胎着床。基因异常： 某些基因的突变或异常也可能导致胚胎反复不着床，不过相对染色体异常来说，基因异常导致反复不着床的比例相对低一些，但也是重要因素之一。
二、母体因素
子宫因素： 子宫内膜容受性是影响胚胎着床的关键。子宫内膜厚度不合适，比如子宫内膜过薄（小于7 - 8mm）或过厚，都可能影响着床。另外，子宫形态异常，如子宫肌瘤、子宫纵隔等，会改变子宫内环境，影响胚胎着床。例如黏膜下子宫肌瘤，可能会阻碍胚胎着床。内分泌因素： 女性体内激素水平异常会影响胚胎着床。如黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，使得子宫内膜不能很好地转化为适合胚胎着床的状态。甲状腺功能异常，无论是甲状腺功能亢进还是减退，都可能干扰胚胎着床过程，研究发现甲状腺功能减退患者妊娠后胚胎反复不着床的风险会增加。
三、免疫因素
自身免疫异常： 体内存在抗磷脂抗体等自身抗体时，会影响胎盘的血液循环，阻碍胚胎着床。比如抗心磷脂抗体阳性的女性，抗体可与血小板及血管内皮细胞内磷脂结合，引起血小板聚集、血管栓塞，影响子宫胎盘血流，导致胚胎不着床。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受异常也可能导致反复不着床。母体免疫系统对胚胎产生过度的免疫排斥反应，使得胚胎难以在子宫内着床并生长发育。