白塞病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传、感染、免疫异常等多种因素有关。有研究显示，遗传因素在白塞病的发病中起到一定作用，携带某些人类白细胞抗原（HLA）基因的人群患病风险相对较高。
遗传因素方面
基因关联： 研究发现，白塞病与人类白细胞抗原B51（HLA - B51）基因密切相关。在白塞病患者中，HLA - B51基因的阳性率明显高于健康人群。例如，在一些白塞病高发地区的人群中，HLA - B51基因的携带率可达到一定比例，如部分地区可能有30% - 60%的白塞病患者携带该基因。
感染因素方面
病毒感染： 有研究推测，某些病毒感染可能与白塞病的发生有关。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等。这些病毒可能会引起人体免疫系统的异常反应，导致自身免疫相关的炎症发生。例如，单纯疱疹病毒感染后，可能会激活人体的免疫细胞，使免疫系统错误地攻击自身组织，从而诱发白塞病相关的血管炎等病变。细菌感染： 链球菌、结核杆菌等细菌感染也被认为可能与白塞病发病存在关联。像结核杆菌感染，有部分白塞病患者在发病前有过结核杆菌感染的情况，结核杆菌的某些成分可能会作为抗原，引发人体的免疫应答，进而导致白塞病的发生。
免疫异常方面
免疫系统紊乱： 白塞病患者存在明显的免疫功能异常。免疫系统中的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞功能失调。例如，T淋巴细胞的亚群失衡，辅助性T细胞（Th）和抑制性T细胞（Ts）的比例发生改变，导致免疫系统过度活化，产生大量的炎症因子，如肿瘤坏死因子 - α（TNF - α）、白细胞介素 - 2（IL - 2）等，这些炎症因子会引起血管的炎症反应，出现白塞病的各种临床表现，如口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部炎症等。自身抗体产生： 部分白塞病患者体内会产生自身抗体，比如抗内皮细胞抗体等。这些自身抗体可以攻击血管内皮细胞，导致血管炎的发生，进一步加重白塞病的病情，引起血管狭窄、闭塞等一系列病理改变。