白塞病的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、感染因素和免疫异常等多种因素有关。有研究显示，白塞病具有一定的遗传易感性，某些基因的突变可能增加患病风险。
遗传因素相关
基因关联： 白塞病与人类白细胞抗原（HLA）基因密切相关，尤其是HLA-B51基因。在一些地区的人群中，HLA-B51阳性者患白塞病的概率比阴性者高很多。例如，在某些白种人群体中，HLA-B51阳性率在白塞病患者中可达到50% - 80%左右，而在健康人群中相对较低。家族聚集性： 白塞病有一定的家族聚集现象，如果家族中有亲属患有白塞病，那么其他家庭成员患病的风险会比普通人群高。不过，并非家族中有患者就一定会发病，只是相对风险增加。
感染因素影响
病毒感染： 有研究认为，某些病毒感染可能触发白塞病的发生。比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等。当人体感染这些病毒后，可能会引起免疫反应的紊乱，进而导致白塞病相关的血管炎等病理改变。例如，在一些白塞病患者的病变组织中，可能检测到单纯疱疹病毒的相关抗原。细菌感染： 链球菌、结核杆菌等细菌感染也可能与白塞病有关。有报道称，部分白塞病患者在发病前有过链球菌感染史，而结核杆菌感染可能通过引起机体的免疫异常，诱发白塞病。比如，在一些地区，白塞病的发病与结核感染的关系较为密切，对结核感染进行治疗后，部分患者的白塞病症状可能会有所缓解。
免疫异常方面
免疫系统紊乱： 白塞病患者存在明显的免疫异常。免疫系统中的T细胞、B细胞功能失调，导致机体产生过多的自身抗体和炎性细胞因子。例如，患者体内会出现抗口腔黏膜抗体等自身抗体，同时肿瘤坏死因子 - α等炎性细胞因子水平升高，这些异常的免疫反应会损伤血管，引起血管炎，进而出现白塞病的各种临床表现，如口腔溃疡、生殖器溃疡、眼部炎症等。免疫细胞异常： T细胞亚群失衡在白塞病的发病中起重要作用。辅助性T细胞1（Th1）和辅助性T细胞2（Th2）的平衡被打破，Th1细胞功能亢进，导致炎性反应过度。同时，调节性T细胞的数量和功能异常，不能有效地抑制免疫反应，使得免疫反应持续处于活跃状态，引发血管等组织的炎症损伤。