食用益生菌后拉肚子的原因主要有以下几点：
1.益生菌的不良反应：部分人可能对益生菌中的某些成分过敏，或者肠道对益生菌不耐受，从而引起拉肚子。这种情况通常比较轻微，停止食用后会自行缓解。
2.菌群失调：如果肠道内的有害菌数量较多，有益菌数量较少，食用益生菌后，有益菌会与有害菌竞争生存空间和营养物质，导致有害菌死亡，产生更多的毒素，从而引起拉肚子。这种情况通常需要在医生的指导下，服用一些药物来调节肠道菌群。
3.其他因素：食用益生菌的同时，如果还食用了其他食物，如辛辣、油腻、生冷等食物，可能会刺激肠道，引起拉肚子。此外，个人的体质、肠道健康状况等因素也可能影响食用益生菌后的反应。
需要注意的是，如果拉肚子的症状比较严重，或者持续时间较长，建议及时就医，以免引起脱水等并发症。同时，在食用益生菌时，应该按照说明书上的剂量和方法进行服用，避免过量食用。如果有任何不适，应该及时停止食用，并咨询医生的意见。