直肠脱垂的治疗方法需根据病情严重程度等因素来定，一般来说，轻度直肠脱垂可通过非手术治疗改善，中重度可能需要手术。对于轻度直肠脱垂，可尝试使用硬化剂注射治疗，比如5%苯酚植物油，能使直肠与周围组织粘连固定，但可能有复发情况。
非手术治疗方式
一般治疗： 儿童直肠脱垂多可自愈，应注意缩短排便时间，排便后立即将脱出直肠复位，取俯卧位，用胶布固定双臀等。成人也可进行提肛运动锻炼，每日做3次，每次收缩肛门50次左右，有助于增强肛门括约肌功能。药物治疗： 对于伴有肠炎的患者，可使用抗生素治疗，如诺氟沙星等，控制肠道炎症，但药物主要是辅助作用。另外，一些中药也可辅助治疗，比如补中益气汤加减，有升提中气的作用，但需在医生辨证论治下使用。
手术治疗情况
经腹手术： 适用于成人完全性直肠脱垂，常用的有Ripstein手术，经腹游离直肠后，提高直肠，用缝线将直肠固定在骶骨前筋膜上，该手术复发率相对较低，但手术创伤较大。还有Delorme手术，主要是切除脱垂的直肠黏膜，然后进行折叠缝合，适用于年老体弱不能耐受复杂手术者。经会阴手术： 如Altemeier手术，经会阴切除直肠乙状结肠，适用于年老、体质差不能耐受经腹手术者，但复发率相对经腹手术稍高。
不同人群的治疗特点
儿童直肠脱垂： 以非手术治疗为主，因为儿童身体处于发育阶段，手术可能会对其生长发育产生一定影响，多数通过上述的一般治疗等可逐渐好转。成人直肠脱垂： 轻度的可先尝试非手术治疗，若效果不佳或病情较重则考虑手术治疗。对于老年体弱不能耐受大手术的成人，经会阴手术可能是更合适的选择。而年轻、身体状况较好的成人，可根据病情选择经腹或经会阴的相应手术方式。