直肠脱垂的治疗需根据病情程度选择合适方法，一般来说，轻度直肠脱垂可通过非手术治疗改善，中重度可能需要手术。比如，儿童轻度直肠脱垂多可通过保守治疗好转，而成人轻度直肠脱垂也有相应非手术手段。
非手术治疗方法
一般疗法： 小儿直肠脱垂多可自愈，所以要注意缩短排便时间，排便后立即将脱出直肠复位，取俯卧位，垫高臀部。成人也可采用类似的复位方法，复位后应卧床休息。注射治疗： 常用硬化剂注射，将硬化剂注射到直肠黏膜下或直肠周围，使黏膜与肌层粘连，直肠与周围组织粘连固定。比如将5%石炭酸植物油等硬化剂注射到脱垂部位的黏膜下层。
手术治疗方式
经腹手术： 适用于成人完全性直肠脱垂。如直肠前壁折叠术，是通过折叠缝合直肠前壁，增强直肠前壁的支持力。手术需在腹部进行，对医生操作要求较高。经会阴手术： 适用于年老体弱或伴有严重心、肺疾病不能耐受经腹手术者。如肛门环缩术，是用金属线或涤纶带等环绕肛门，缩小肛门，以防止直肠脱垂。但该手术复发率相对较高。吻合器痔上黏膜环切术（PPH）： 对于部分直肠脱垂也有一定效果，通过吻合器环形切除直肠下端黏膜及黏膜下组织，使脱垂的直肠黏膜向上悬吊复位。
康复与护理要点
饮食调理： 患者要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘，一般每天应保证摄入足够的蔬菜，如每天500克左右的绿叶蔬菜，水果可吃200~300克。避免食用辛辣、刺激性食物，减少对直肠的刺激。生活习惯： 避免长时间蹲便，排便时间控制在5分钟以内。平时可进行提肛运动，每次收缩肛门3~5秒，然后放松，重复10~15次，每天进行3~4组，有助于增强肛门括约肌的功能。