治口腔溃疡的药物有多种，像西瓜霜喷剂就比较常用，一般喷后能在一定程度上缓解疼痛、促进愈合。
局部用药类
口腔溃疡散：主要成分有青黛、白矾、冰片等，能清热敛疮，直接撒在溃疡面上，能起到消炎止痛、促进溃疡愈合的作用，使用时要注意避免接触眼睛等黏膜部位。重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔溃疡创面的愈合，通过刺激表皮细胞的增殖来加速修复过程，涂抹时要保持创面清洁。
含漱类药物
氯己定含漱液：浓度一般是0.12% - 0.2%，它能杀灭口腔内的细菌，减少口腔内的细菌感染，从而有利于口腔溃疡的恢复，使用时按照说明书稀释后含漱，每次含漱1 - 2分钟左右。康复新液：可以修复溃疡创面，它能改善创面微循环，促进肉芽组织生长和黏膜上皮修复，用它含漱时，每次含漱5 - 10毫升，含漱后稍等片刻再吐出。
维生素类药物
维生素B2：如果是因缺乏维生素B2引起的口腔溃疡，可以适当补充。正常饮食均衡的人一般不会缺乏，但对于一些偏食、节食的人可能会缺乏，一般来说，成人每天补充量在1 - 2毫克左右，但最好在医生指导下使用，避免过量。复合维生素B：其中含有多种B族维生素，对于因B族维生素缺乏导致的口腔溃疡有一定的预防和辅助治疗作用，它可以从食物中获取，比如粗粮、豆类等，如果需要补充制剂，要按照说明书或医生建议的剂量服用。