新生儿蚕豆病主要是由遗传因素引起的。这是一种X连锁不完全显性遗传病，因为葡萄糖-6-磷酸脱氢酶（G-6-PD）基因发生突变，导致G-6-PD缺乏，从而使新生儿容易在接触某些诱因后发病。
遗传基因方面的因素
基因突变导致酶缺乏： G-6-PD基因位于X染色体上，如果母亲是G-6-PD基因携带者，就有可能将突变的基因遗传给新生儿。男性新生儿只要X染色体上的G-6-PD基因发生突变，就会发病；女性新生儿需要两条X染色体都发生突变才会发病，但这种情况相对较少。
诱因相关因素
食物诱因： 新生儿食用蚕豆后容易引发蚕豆病发作。蚕豆中含有一些成分，会使缺乏G-6-PD的红细胞容易被破坏，从而导致溶血等一系列症状。药物诱因： 某些药物也可能成为诱因，比如磺胺类药物，新生儿如果使用了这类药物，就可能诱发蚕豆病。还有一些解热镇痛类药物，像阿司匹林等，也可能对缺乏G-6-PD的新生儿红细胞产生破坏作用。
环境因素影响
感染因素： 新生儿如果发生感染，比如细菌感染或者病毒感染等，也可能促使蚕豆病的发生。感染会影响新生儿的身体代谢等多种功能，进而诱发红细胞的破坏。其他环境刺激： 新生儿接触某些化学物质等环境刺激时，也可能引发蚕豆病。例如新生儿接触了樟脑丸等具有氧化性的化学物质，就可能导致体内缺乏G-6-PD的红细胞被破坏，引发溶血等症状。