扁平疣的治疗需根据其大小、数量、位置来选择合适方法，包括物理治疗、西医疗法、中医疗法、食疗等。
一、物理疗法：这是常用于扁平疣治疗的方法。主要的物理治疗手段有冷冻、激光等。手术简便，痛苦较小。比较适用于扁平疣数量较少且患者较为年轻的情况，可在短时间内去除患者皮肤上的疣。
1.冷冻治疗是利用低温作用于病变组织，使其坏死脱落。
2.激光治疗则通过特定波长的激光精准作用于疣体，将其破坏。
二、西医疗法：通常会采用维A酸软膏外敷，操作便捷，患者可随时自行使用。这种方法较适合手背、手臂等部位出现的扁平疣。
三、中医疗法：中医疗法一般是通过擦洗来医治扁平疣，按香附、大青叶、莪术、板蓝根、木贼等药物以10:6:6:5的比例，加水浸泡15分钟后煎至沸腾，然后用药汁擦拭疣体部位。
(1)香附具有疏肝解郁等功效。
(2)大青叶有清热解毒等作用。
(3)莪术能行气破血等。
(4)板蓝根可清热解毒等。
(5)木贼能疏散风热等。
四、食疗：既能补充营养又能治病。比如凉性蒲公英薏米粥，对治疗扁平疣效果良好。
总之，扁平疣由病毒感染引起，因是病毒感染所以极易复发，治疗不当或过度治疗都可能引发复发以及色素减退、沉着等问题。患者需根据自身实际情况选择合适的治疗方案。