扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的良性赘生物，治疗方法有多种。一般来说，可通过药物治疗、物理治疗等方法改善，其中药物治疗常用的有维A酸类药物等。
药物治疗
外用药物： 维A酸类药物是常用的外用治疗扁平疣的药物，它可以调节细胞分化，抑制角质形成细胞的增殖。比如0.1%维A酸乳膏，需在医生指导下使用，一般需要连续使用数周才能看到效果。还有5%氟尿嘧啶软膏，也有一定的抗病毒作用，但使用时要注意避免接触正常皮肤。免疫调节剂： 比如干扰素，它具有抗病毒和免疫调节作用。可以通过局部注射的方式使用，不过局部注射可能会引起疼痛等不适反应。
物理治疗
冷冻治疗： 这是比较常用的物理治疗方法。医生会用低温的液氮接触扁平疣疣体，使疣体组织坏死脱落。一般一次冷冻可能不能完全去除，可能需要多次治疗，每次冷冻后局部会出现水疱，要注意保持局部清洁，避免感染，大约1 - 2周水疱会结痂脱落。激光治疗： 利用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化坏死。激光治疗相对来说速度较快，对于较小的扁平疣效果较好。但激光治疗后局部会有创面，需要注意护理，防止感染，而且可能会留下轻微的色素沉着，一般需要1 - 2周创面愈合。电灼治疗： 与激光治疗类似，也是通过电流烧灼疣体。电灼治疗后局部同样需要做好护理工作，避免沾水等，防止感染，恢复时间大概也是1 - 2周。
手术治疗
对于个别比较大、顽固的扁平疣，在符合手术指征的情况下可以考虑手术切除。但手术切除有一定的创伤，术后需要注意伤口的护理，防止感染，并且有复发的可能。不过这种情况相对较少用，一般先尝试药物和物理治疗。
日常注意事项
在治疗扁平疣的同时，还要注意日常护理。要避免搔抓疣体，防止自身接种传播，因为搔抓可能会使病毒接种到其他部位，导致疣体增多。同时，要注意增强自身免疫力，比如保持良好的作息，充足的睡眠，合理的饮食等，免疫力增强有助于身体对病毒的清除。另外，在治疗过程中要遵医嘱，定期复诊，观察治疗效果和病情变化。