扁平疣的最佳治疗方法包括外用药物、物理治疗和系统治疗等，具体如下：
1.外用药物：
抗病毒药物：如咪喹莫特、氟尿嘧啶等，可直接作用于疣体，促进其消退。
角质促成剂：如维A酸乳膏、水杨酸等，可促进疣体的角化。
角质松解剂：如硫磺软膏等，可使疣体松解、脱落。
2.物理治疗：
冷冻治疗：利用液氮冷冻疣体，使其坏死脱落。
激光治疗：通过高温破坏疣体。
电灼治疗：利用电流产生的高温破坏疣体。
3.系统治疗：
抗病毒药物：如阿昔洛韦、伐昔洛韦等，可抑制病毒复制。
免疫调节剂：如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等，可调节机体免疫功能。
需要注意的是，扁平疣的治疗方法应根据疣体的数量、大小、部位、患者的年龄、健康状况等因素选择。在治疗过程中，患者应注意个人卫生，避免搔抓疣体，以免造成自身接种传播。同时，患者应避免与他人共用毛巾、浴巾等物品，以防交叉感染。如果扁平疣症状持续不缓解或出现加重，建议及时就医，以便获得更专业的治疗建议。