干燥综合症的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。据研究，遗传因素在干燥综合症的发病中起到一定作用，约10%的干燥综合症患者有家族史，提示遗传易感性可能参与发病。
遗传因素方面
人类白细胞抗原（HLA）： 特定的HLA基因与干燥综合症的发病密切相关。例如，HLA-DR3、HLA-DR4等基因在干燥综合症患者中的阳性率明显高于正常人群。研究表明，携带这些特定HLA基因的个体，其免疫系统更容易出现异常，从而增加患干燥综合症的风险。
免疫因素方面
自身抗体产生： 患者体内会产生多种自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些自身抗体可以攻击自身的外分泌腺体，尤其是唾液腺和泪腺，导致腺体的分泌功能受损，出现口干、眼干等干燥综合症的典型症状。例如，抗SSA抗体和抗SSB抗体在干燥综合症患者中的阳性率可达60% - 80%左右，它们的存在标志着免疫系统对自身腺体的异常攻击。T细胞和B细胞异常： T细胞和B细胞的异常活化也是干燥综合症发病的重要机制。T细胞可以调节B细胞的功能，当T细胞功能失调时，会导致B细胞过度活化，产生大量自身抗体。同时，B细胞本身也可能存在异常，无法正常发挥免疫调节作用，进一步加剧了自身免疫反应对腺体的破坏。
病毒感染方面
EB病毒： 研究发现，EB病毒与干燥综合症的发病可能有关。EB病毒感染可能会触发自身免疫反应。例如，EB病毒感染人体后，可能会改变唾液腺上皮细胞的抗原性，使得免疫系统将其识别为外来异物，从而引发免疫攻击，导致唾液腺受损，出现干燥的症状。另外，丙型肝炎病毒等其他病毒感染也被认为可能与干燥综合症的发病有一定关联，但具体机制还在进一步研究中。