干燥综合症的病因目前尚未完全明确，但研究发现可能与以下因素有关。一般认为遗传因素在其中起到一定作用，比如有研究显示约10%的干燥综合症患者有家族遗传倾向。
遗传因素方面
基因关联： 某些特定的基因与干燥综合症的易感性相关。例如人类白细胞抗原（HLA）系统中的一些基因，像HLA - DR3、HLA - DR4等基因，在干燥综合症患者中的携带频率可能高于正常人群。这意味着携带这些基因的人群相对更容易患上干燥综合症，但并非携带就一定会发病，只是增加了患病的风险。
免疫因素方面
自身免疫反应异常： 人体的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺体，尤其是唾液腺和泪腺。正常情况下，免疫系统能够识别和抵御外来的病原体等异物，但在干燥综合症患者体内，免疫系统产生了针对自身腺体细胞的抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等。这些抗体参与了免疫反应，导致唾液腺和泪腺的炎症损伤，使得腺体分泌功能下降，从而出现口干、眼干等干燥综合症的典型症状。T细胞和B细胞异常： T细胞和B细胞在免疫反应中起着重要作用。在干燥综合症患者体内，T细胞的功能失调，会影响B细胞的活化和抗体的产生。B细胞会过度活化，产生过多的自身抗体，进一步加剧了对腺体的损伤。
病毒感染因素方面
病毒可能的诱发作用： 一些病毒感染可能与干燥综合症的发生有关。例如EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究发现，部分干燥综合症患者在发病前有过EB病毒感染的经历，EB病毒可能会改变人体的免疫状态，触发自身免疫反应，从而诱导干燥综合症的发生。丙型肝炎病毒感染也与干燥综合症有一定的关联，感染丙型肝炎病毒的人群中干燥综合症的发病率可能会升高。不过，病毒感染只是可能的诱发因素，并不是所有感染病毒的人都会患上干燥综合症，还需要结合其他因素共同作用。