巨细胞病毒感染病的症状因感染人群不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无明显症状，约10% - 20%的人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，一般持续数周可自行缓解。
婴儿感染的症状
先天性感染： 婴儿在子宫内感染巨细胞病毒，可能出现生长受限、肝脾肿大、黄疸（皮肤和巩膜发黄）、血小板减少性紫癜（皮肤出现瘀点瘀斑）等症状。严重的先天性感染还可能导致神经系统损伤，出现小头畸形、智力低下、听力丧失等问题。围生期感染： 婴儿通过产道或母乳感染巨细胞病毒，多数无症状，少部分婴儿可能出现轻度肝炎，表现为肝脏轻度肿大、肝功能轻度异常等。
免疫功能低下人群的症状
艾滋病患者： 当艾滋病患者的CD4+T淋巴细胞计数很低时，感染巨细胞病毒可引起多系统病变。如累及肺部，会出现发热、咳嗽、呼吸困难等肺炎症状；累及胃肠道，可导致腹痛、腹泻、消化道出血等；累及眼部，可能引起视网膜炎，出现视力下降、眼前黑影等。器官移植受者： 器官移植后由于长期使用免疫抑制剂，机体免疫功能受抑制，感染巨细胞病毒后易出现严重症状。可累及肺部、胃肠道等，肺部感染时表现为发热、干咳、进行性呼吸困难；胃肠道受累时出现腹痛、腹泻、呕血等。
成年人初次感染的症状
成年人初次感染巨细胞病毒，除了可能出现类似单核细胞增多症的发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大外，部分人还可能出现皮疹，皮疹多为斑丘疹，可分布在身体多个部位。另外，少数人可能有肌肉酸痛的表现，一般随着病情恢复这些症状会逐渐消失。