引起甲状腺炎的原因有多种。其中自身免疫因素是常见原因之一，比如自身免疫性甲状腺炎，约有10%-15%的人群可能会因为自身免疫系统错误地攻击甲状腺组织而引发甲状腺炎。
感染相关因素
病毒感染：许多病毒感染可能诱发甲状腺炎，像柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、流感病毒等。例如，在病毒流行季节，约有1/3的亚急性甲状腺炎患者发病前有病毒感染史，一般病毒感染后2-8周可能出现甲状腺炎相关症状。
遗传因素
家族遗传倾向：某些类型的甲状腺炎具有遗传易感性。比如自身免疫性甲状腺炎，若家族中有亲属患有自身免疫性甲状腺炎，那么其他家庭成员患甲状腺炎的风险会比普通人群高。研究发现，自身免疫性甲状腺炎患者的一级亲属中，患甲状腺疾病的概率比一般人群高2-3倍。
环境因素
辐射暴露：长期接受放射性辐射，如颈部曾接受过放疗等，会增加患甲状腺炎的风险。比如儿童时期颈部受到辐射照射，成年后发生甲状腺炎的可能性会明显升高。另外，长期处于污染的环境中，也可能对甲状腺功能产生不良影响，进而诱发甲状腺炎，但具体的污染物质与甲状腺炎的关联还在进一步研究中。