阴茎根部隐隐作痛可能由睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、尿道炎引发。具体如下：
一、睾丸炎：这是一种由细菌、病毒、衣原体、支原体等感染引起的感染性疾病，传播途径包括性传播与非性传播。其症状通常有高热、阴囊疼痛、睾丸肿大等，进而会导致阴茎根部隐隐作痛。
1.感染因素：诸多病原体都可能引起睾丸炎。
2.症状表现：高热等全身性症状以及阴囊和睾丸的明显不适。
二、附睾炎：是常见的男性生殖系统炎症疾病，多由细菌感染导致，常见于中青年，常与睾丸炎同时存在。主要表现为附睾肿胀、疼痛，在性行为活跃的中年男性中较为多见，多数会有阴茎根部隐隐作痛的症状。
1.常见人群：中青年男性。
2.主要症状：附睾的相关症状以及阴茎根部疼痛。
三、前列腺炎：由病原体感染或不规律性生活、久坐、酗酒等不良生活习惯引起。通常有发热、寒战、骨盆区域疼痛等症状，也会引发阴茎根部隐隐作痛。
1.引发原因：包括病原体和不良生活习惯。
2.典型症状：全身和局部的多种表现。
四、尿道炎：是指膀胱出口至尿道外口的尿道黏膜发生感染。一般会有尿道口有分泌物、尿频、尿痛等症状，同时也会出现阴茎根部隐隐作痛的情况。
1.感染部位：尿道黏膜。
2.相关症状：尿道口以及排尿等方面的症状和阴茎根部的疼痛。
总结：当出现阴茎根部隐隐作痛时，可能是上述多种疾病导致，要结合其他具体症状进行综合判断和诊断，以便及时采取相应的治疗措施。